En tant que nation dotée d'un gouvernement laïque, l'Estonie figure parmi les régions les plus sécularisées au monde, avec la moitié de ses habitants s'identifiant comme athées et ne suivant aucune pratique religieuse. La dimension religieuse existe néanmoins, bien qu'elle soit en minorité.
Bien que le christianisme, notamment l'Eglise évangélique luthérienne d'Estonie, soit historiquement ancré, une grande partie de la population se considère comme non religieuse ou athée, une tendance mise en évidence par diverses enquêtes qui classent l'Estonie parmi les pays les moins religieux au monde.
Protestantisme : Depuis le XVIe siècle, l'influence de l'occupation allemande a façonné l'Estonie en une nation essentiellement protestante. Le territoire est alors parsemé d'églises, réparties entre les zones urbaines et rurales, qui jouent un rôle clé dans l'éducation de la population. Parmi elles, l'Église évangélique luthérienne se distingue comme la plus significative et la plus influente.
Orthodoxie : L'orthodoxie représente la seconde tradition religieuse prédominante en Estonie, introduite sous le joug de la domination russe. Durant cette période, le nombre d'édifices religieux augmente considérablement, avec notamment la cathédrale Nevsky..
Minorités et spécificités : En Estonie, la présence de minorités religieuses, incluant juifs, musulmans, Témoins de Jéhovah, bouddhistes, méthodistes et baptistes, est notable bien qu'elles constituent une part modeste de la population. Ensemble, ces communautés représentent à peine 10 % des fidèles du pays.